In un secondo passaggio, è stata verificata la "capacità del piano di rispondere alle questioni ambientali presenti nel territorio", ovvero la coerenza tra gli obiettivi scelti dal Piano e gli esiti della valutazione del contesto ambientale. A tale scopo è utilizzata una matrice di valutazione ambientale qualitativa, mettendo in relazione le 41 misure, previste dallo stesso PAIR, con i seguenti temi ambientali: atmosfera; clima ed energia; deposizioni atmosferiche; biodiversità e Rete Natura 2000; salute umana; sistema territoriale.
I risultati, restituiti in una "Matrice di traduzione della diagnosi ambientale degli obiettivi del Piano", attestano pochi casi senza correlazione significativa, mentre per gli altri si tratta di coerenza e di forte coerenza; non è individuato nessun caso d’incoerenza. Si riporta, di seguito, l’elenco delle misure utilizzate per svolgere tale verifica.

Il Rapporto svolge la valutazione del grado di coerenza, tra gli obiettivi di Piano e le politiche ambientali rilevanti, utilizzando una matrice di analisi che mette in relazione ciascuna politica ambientale, locale o globale, attraverso una serie di obiettivi ricavati dalle stesse, con gli obiettivi del PAIR. Per quanto attiene alle politiche considerate, si tratta delle seguenti: limitazione dell'inquinamento atmosferico; energia e lotta al cambiamento climatico; gestione sostenibile delle produzioni e dei consumi; tutela della biodiversità, del paesaggio e del suolo; benessere e qualità della vita umana.
In merito alla limitazione dell'inquinamento atmosferico, per l'individuazione degli obiettivi esterni in materia, i riferimenti includono la Convenzione sull'inquinamento transfrontaliero a lunga distanza della Commissione Economica delle Nazioni Unite per l'Europa (LRTAP; del 1979), il Protocollo di Göteborg per ridurre l'acidificazione, l'eutrofizzazione e l'ozono troposferico (1999), la Direttiva sui tetti nazionali di emissione (National Emission Ceiling – NEC (2001), il Sesto programma d'azione per l'ambiente delle UE, la Direttiva 2008/50/CE in materia di qualità dell'aria ambiente, il D.lgs 152/2006.
Per quanto attiene all'energia e lotta al cambiamento climatico, per l'individuazione degli obiettivi esterni in materia, nel Rapporto si è fatto riferimento alla Strategia UE "20-20-20", alla Direttiva 2012/27/UE sull'efficienza energetica, alla Direttiva 2001/77/CE sull'energia elettrica da fonti rinnovabili e alla Direttiva 2009/28/CE che promuove nei trasporti l'uso di fonti energetiche rinnovabili e infine alla Strategia energetica nazionale Al contempo è stata considerata la Strategia per l'adattamento ai cambiamenti climatici (COM(13)3288) della UE
Per quanto riguarda la gestione sostenibile delle produzioni e consumi, nel documento si richiama la considerazione della strategia europea sull'uso sostenibile delle risorse naturali, COM(2005)-670, la strategia sulla prevenzione e il controllo integrato dell'inquinamento ("IPPC", Integrated Pollution Prevention and Control; Dir. 2008/1/CE), come integrata dalla direttiva in materia di emissioni industriali (Dir. 2010/75/UE), il D.lgs. n. 372/1999, D.lgs. n. 59/2005 e D.lgs. n. 152/2006 di recepimento della citata disciplina IPPC, il Piano d'Azione per la sostenibilità ambientale dei consumi nel settore della pubblica amministrazione (PAN-GPP).
In merito alla biodiversità, paesaggio e suolo, nel Rapporto viene richiamata la Convenzione sulla protezione del patrimonio culturale e naturale mondiale, Unesco 1972 (ratificata con L- 184/1987), la Direttiva Uccelli e la Direttiva Habitat, la Convenzione europea del paesaggio del 2000 (ratificata con il Codice D.lgs 42/2004), la Strategia tematica per la protezione del suolo del 2006 e la Tabella di marcia verso un'Europa efficiente nell'impiego delle risorse (2011), il D.lgs 152/2006 per quanto attiene alla difesa del suolo.
Con riguardo al benessere e qualità della vita i riferimenti assunti nel Rapporto comprendono il VI Programma d'azione per l'ambiente (2002) e il VII (allora in approvazione) della UE, il libro bianco della Commissione europea, COM(2007)-630 del 2007, il Piano Sanitario Strategico Europeo del 2001 che ha adottato formalmente la VIS (Valutazione incidenza sanitaria), la Convenzione di Aarhus, la L.R. 29/2004 sull'organizzazione e il funzionamento del servizio sanitario regionale, la L.R. 2/2003 di promozione della cittadinanza sociale, la L.R. 27/2009 che avvia il sistema Informazione educazione alla sostenibilità (INFEAS),
Si riporta, di seguito, il quadro degli obiettivi individuati, derivati dalla considerazione delle citate strategie, direttive, piani o norme, con riferimento a ognuna delle politiche considerate.